Deklaracje podatkowe i kontrole celno-skarbowe. Szykują się ważne zmiany w przepisach dla firm

Od 1 października 2025 roku obowiązują korzystniejsze zasady składania deklaracji podatkowych podczas kontroli celno-skarbowej. Podatnik może obecnie złożyć nie tylko korektę wcześniejszego rozliczenia, lecz także zaległą deklarację pierwotną. Jest to możliwe zarówno na początku kontroli, jak i po otrzymaniu jej wyniku. Nowe przepisy pozwalają również uwzględnić tylko część ustaleń organu. Aby skorzystać z tych uprawnień, trzeba jednak przestrzegać krótkich, czternastodniowych terminów.

Kontrola celno-skarbowa jest trudnym momentem dla każdego przedsiębiorcy. Zwykle wiąże się z koniecznością szybkiego przygotowania dokumentów, udzielania wyjaśnień oraz weryfikowania wcześniejszych rozliczeń.

Dlatego firma nie powinna czekać z uporządkowaniem księgowości do chwili otrzymania pisma z urzędu. Regularna kontrola deklaracji, rejestrów i dokumentów pozwala wcześniej wykryć nieprawidłowości oraz odpowiednio na nie zareagować.

Wsparciem w takich sytuacjach może być outsourcing rachunkowo-księgowy oferowany przez GroupEuroService. Zewnętrzni specjaliści mogą pomóc zarówno przed rozpoczęciem kontroli, jak i w trakcie prowadzonego postępowania.

Czym jest kontrola celno-skarbowa?

Kontrola celno-skarbowa jest jednym z narzędzi wykorzystywanych przez Krajową Administrację Skarbową. Prowadzą ją naczelnicy urzędów celno-skarbowych.

Jej celem jest sprawdzenie, czy przedsiębiorca prawidłowo wykonuje obowiązki wynikające z przepisów podatkowych, celnych i dewizowych.

Kontrola może obejmować między innymi:

• prawidłowość rozliczenia podatku VAT;
• rozliczenia podatku CIT lub PIT;
• zasadność wykazywanych kosztów;
• stosowane stawki podatkowe;
• transakcje międzynarodowe;
• dokumentację celną;
• rozliczenia z podmiotami powiązanymi;
• zgodność deklaracji z księgami i plikami JPK;
• prawidłowość zwrotów podatku.

Kontrola celno-skarbowa nie jest tym samym co kontrola podatkowa. Procedury są podobne w niektórych obszarach, jednak podstawy prawne i uprawnienia organu mogą się różnić.

Jak rozpoczyna się kontrola celno-skarbowa?

Kontrola rozpoczyna się co do zasady w dniu doręczenia przedsiębiorcy upoważnienia do jej przeprowadzenia. W określonych sytuacjach może zostać wszczęta także po okazaniu legitymacji służbowej.

W upoważnieniu powinny znaleźć się informacje dotyczące między innymi:

• organu prowadzącego kontrolę;
• podstawy prawnej;
• zakresu sprawdzanych rozliczeń;
• okresu objętego kontrolą;
• danych osób prowadzących czynności;
• praw i obowiązków kontrolowanego.

Po otrzymaniu dokumentu warto dokładnie sprawdzić zakres kontroli. To od niego zależy, których deklaracji i okresów dotyczą szczególne zasady składania korekt.

Deklaracja lub korekta w ciągu 14 dni od rozpoczęcia kontroli

Od 1 października 2025 roku kontrolowany może w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia złożyć:

• korektę wcześniej przekazanej deklaracji;
• zaległą deklarację pierwotną, jeżeli wcześniej nie została złożona.

Dokument musi dotyczyć zakresu objętego kontrolą celno-skarbową. Termin liczy się od dnia doręczenia upoważnienia, a nie od daty jego wystawienia przez urząd.

To ważna zmiana dla podatników, którzy wcześniej nie złożyli deklaracji w wymaganym terminie. Przed nowelizacją możliwość naprawienia takiego zaniedbania po rozpoczęciu kontroli była znacznie ograniczona.

Co się stanie po upływie 14 dni?

Deklaracja albo korekta złożona po upływie czternastodniowego terminu, lecz przed zakończeniem kontroli, zasadniczo nie wywoła skutków prawnych w zakresie objętym kontrolą.

Dlatego przedsiębiorca powinien rozpocząć analizę rozliczeń natychmiast po otrzymaniu upoważnienia. Czternaście dni może być krótkim okresem, zwłaszcza gdy kontrola obejmuje kilka lat lub dużą liczbę dokumentów.

Czy złożenie deklaracji kończy kontrolę?

Samo przekazanie deklaracji lub korekty nie oznacza automatycznego zakończenia kontroli. Organ musi najpierw sprawdzić złożone rozliczenie.

Jeżeli naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględni dokument, kontrola może zostać zakończona w zakresie, w którym podatnik prawidłowo rozliczył zobowiązanie.

Organ może jednak uznać, że deklaracja:

• nie uwzględnia wszystkich nieprawidłowości;
• zawiera kolejne błędy;
• nie odpowiada posiadanym dowodom;
• wymaga dodatkowych wyjaśnień;
• nie została złożona skutecznie.

Dlatego przed wysłaniem dokumentu należy przeprowadzić zarówno kontrolę rachunkową, jak i merytoryczną.

Co może sprawdzić organ podczas kontroli?

Zakres czynności zależy od rodzaju i skali sprawdzanej działalności. Kontrolujący mogą analizować między innymi:

• księgi rachunkowe oraz podatkowe;
• faktury sprzedażowe i zakupowe;
• pliki JPK;
• wyciągi bankowe;
• umowy z klientami i dostawcami;
• dowody wykonania usług lub dostaw;
• ewidencję środków trwałych;
• dokumentację magazynową;
• korespondencję handlową;
• dokumenty celne i transportowe;
• dokumentację cen transferowych.

Organ może również porównywać dane przedsiębiorcy z informacjami przekazanymi przez jego kontrahentów, banki, inne urzędy oraz systemy administracji skarbowej.

Wynik kontroli celno-skarbowej

Jeżeli w trakcie kontroli zostaną wykryte nieprawidłowości, przedsiębiorca otrzymuje wynik kontroli. Dokument opisuje między innymi ustalenia organu i wskazuje zakwestionowane rozliczenia.

Od momentu doręczenia wyniku rozpoczyna się kolejny czternastodniowy termin. W tym czasie kontrolowany może złożyć:

• korektę wcześniej przekazanej deklaracji;
• zaległą deklarację pierwotną;
• dokument uwzględniający całość ustaleń kontroli;
• korektę uwzględniającą tylko część ustaleń.

Możliwość złożenia deklaracji pierwotnej po zakończeniu kontroli jest istotna dla podatników, którzy nie wykonali wcześniej obowiązku sprawozdawczego.

Częściowe uwzględnienie wyniku kontroli

Nowe przepisy pozwalają podatnikowi zaakceptować tylko część ustaleń przedstawionych przez organ.

Przedsiębiorca może więc skorygować te elementy rozliczenia, z którymi się zgadza, a jednocześnie podtrzymać swoje stanowisko w pozostałym zakresie.

Przykładowo organ może zakwestionować:

• kilka faktur zakupowych;
• zastosowaną stawkę VAT;
• prawo do określonej ulgi;
• część kosztów uzyskania przychodów;
• moment powstania obowiązku podatkowego.

Podatnik może uznać zastrzeżenia odnoszące się do części faktur, ale nie zgodzić się ze stanowiskiem dotyczącym pozostałych transakcji.

W takim przypadku dalsze postępowanie powinno koncentrować się na kwestiach, które nadal pozostają sporne.

Co się dzieje, gdy podatnik nie skoryguje rozliczenia?

Jeżeli przedsiębiorca nie złoży deklaracji lub korekty w wymaganym terminie, kontrola może zostać przekształcona w postępowanie podatkowe.

Postępowanie kończy się wydaniem decyzji określającej prawidłową wysokość zobowiązania, nadpłaty, straty albo zwrotu podatku.

Podatnik może wtedy korzystać z przewidzianych praw procesowych, w tym:

• składania wyjaśnień;
• przedstawiania dowodów;
• zapoznania się z aktami;
• wypowiedzenia się w sprawie materiału dowodowego;
• złożenia odwołania od decyzji;
• zaskarżenia sprawy do sądu administracyjnego.

Dodatkowe zobowiązanie podatkowe w VAT

Nieprawidłowe rozliczenie VAT może prowadzić do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Jego wysokość zależy od okoliczności sprawy oraz zachowania podatnika.

Przepisy przewidują korzystniejsze zasady, gdy kontrolowany w odpowiednim terminie złoży deklarację lub korektę i ureguluje wynikającą z niej należność.

W określonych sytuacjach dodatkowe zobowiązanie może zostać ustalone w wysokości do 15% kwoty zaniżenia podatku albo zawyżenia zwrotu. Nie oznacza to jednak, że stawka 15% będzie automatycznie zastosowana w każdej sprawie.

Znaczenie mają między innymi:

• rodzaj stwierdzonej nieprawidłowości;
• termin złożenia dokumentu;
• zapłata zaległego podatku;
• okoliczności powstania błędu;
• współpraca podatnika z organem;
• przepisy obowiązujące dla danego przypadku.

Nie należy więc przedstawiać niższej sankcji jako gwarantowanej korzyści wynikającej z samego złożenia korekty.

Deklaracja to nie wszystko – trzeba także zapłacić podatek

Złożenie prawidłowego dokumentu nie kończy wszystkich obowiązków przedsiębiorcy. Jeżeli z deklaracji lub korekty wynika zaległość, trzeba ją uregulować wraz z należnymi odsetkami.

Przed wysłaniem dokumentu należy więc ustalić:

• wysokość zaległego podatku;
• okres naliczania odsetek;
• właściwy rachunek podatkowy;
• termin dokonania wpłaty;
• ewentualne możliwości skorzystania z ulgi w spłacie.

Brak zapłaty może wpłynąć na ocenę sytuacji podatnika i dalszy przebieg sprawy.

Czy trzeba złożyć czynny żal?

Złożenie zaległej deklaracji lub korekty nie zawsze rozwiązuje wszystkie kwestie związane z odpowiedzialnością karnoskarbową.

Możliwość i zasadność złożenia czynnego żalu zależy od etapu sprawy oraz tego, czy organ posiada już udokumentowaną wiedzę o naruszeniu.

Po rozpoczęciu czynności kontrolnych skuteczne skorzystanie z tej instytucji może być ograniczone. Dlatego sytuację należy przeanalizować indywidualnie, najlepiej z udziałem doradcy podatkowego lub prawnika.

Jak przygotować się do kontroli celno-skarbowej?

Po otrzymaniu upoważnienia warto przede wszystkim zachować spokój i dokładnie ustalić zakres prowadzonej kontroli.

Następnie należy:

• wyznaczyć osobę odpowiedzialną za kontakt z organem;
• poinformować biuro rachunkowe i doradców;
• zabezpieczyć dokumenty objęte kontrolą;
• sprawdzić kompletność deklaracji i plików JPK;
• uzgodnić księgi z deklaracjami;
• zweryfikować płatności podatków;
• przeanalizować zakwestionowane lub ryzykowne transakcje;
• kontrolować wszystkie terminy;
• prowadzić ewidencję przekazywanych dokumentów;
• przygotowywać odpowiedzi na pisma organu.

Nie należy przekazywać dokumentów bez wcześniejszego sprawdzenia ich kompletności. Jednocześnie nie wolno utrudniać kontroli ani zatajać informacji wymaganych przez organ.

Dokumenty dotyczące transakcji międzynarodowych

Firmy prowadzące handel zagraniczny mogą być zobowiązane do przedstawienia bardziej rozbudowanej dokumentacji.

Kontrola może obejmować między innymi:

• dokumenty potwierdzające eksport lub import;
• komunikaty celne;
• zgłoszenia INTRASTAT;
• listy przewozowe i potwierdzenia dostawy;
• dokumentację wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów;
• rozliczenia importu usług;
• dowody zastosowania stawki VAT 0%;
• dokumentację cen transferowych;
• umowy z zagranicznymi kontrahentami.

Brak dokumentu potwierdzającego wywóz lub dostawę może prowadzić do zakwestionowania preferencyjnej stawki podatku, nawet gdy transakcja rzeczywiście została wykonana.

Najczęstsze błędy przedsiębiorców podczas kontroli

Problemy mogą wynikać nie tylko z wcześniejszych nieprawidłowości podatkowych, lecz także z niewłaściwego zachowania po rozpoczęciu kontroli.

Do częstych błędów należą:

• przeoczenie czternastodniowego terminu;
• złożenie deklaracji obejmującej niewłaściwy okres;
• wysłanie korekty bez dokładnej analizy danych;
• brak zapłaty zaległości wynikającej z korekty;
• niespójność deklaracji z plikami JPK;
• przekazywanie niekompletnych dokumentów;
• udzielanie sprzecznych wyjaśnień;
• brak potwierdzenia przekazania dokumentacji;
• ignorowanie korespondencji z urzędu;
• samodzielne przyjmowanie ustaleń bez analizy ich konsekwencji.

Jak biuro rachunkowe pomaga podczas kontroli?

Kontrola celno-skarbowa wymaga szybkiego działania i dobrej znajomości dokumentacji firmy. Dlatego pomoc zewnętrznego zespołu może znacząco usprawnić cały proces.

Specjaliści z GroupEuroService mogą między innymi:

• ustalić zakres dokumentów objętych kontrolą;
• uzgodnić deklaracje z księgami i plikami JPK;
• sprawdzić rejestry VAT;
• przeanalizować przychody i koszty;
• zweryfikować zastosowane stawki podatkowe;
• uporządkować dokumentację źródłową;
• przygotować zestawienia wymagane przez organ;
• pomóc przy sporządzeniu deklaracji lub korekty;
• wyliczyć zaległość i odsetki;
• wspierać przedsiębiorcę w korespondencji z urzędem;
• monitorować terminy proceduralne.

Biuro rachunkowe może przygotować dokumentację finansową i podatkową. W sprawach wymagających reprezentacji prawnej lub oceny odpowiedzialności karnoskarbowej potrzebna może być także pomoc doradcy podatkowego, radcy prawnego albo adwokata.

Kontroli najlepiej zapobiegać poprzez bieżącą weryfikację

Profesjonalna obsługa księgowa jest przydatna nie tylko wtedy, gdy kontrola już się rozpoczęła. Regularne sprawdzanie dokumentów pozwala wcześniej wykrywać błędy i ograniczać ich konsekwencje.

Bieżąca obsługa może obejmować:

• kontrolę poprawności faktur;
• uzgadnianie rozrachunków;
• weryfikację deklaracji przed wysyłką;
• monitorowanie zmian w przepisach;
• kontrolę terminów podatkowych;
• sprawdzanie kompletności dokumentacji;
• przygotowanie procedur wewnętrznych;
• okresowe przeglądy rozliczeń.

Dzięki temu przedsiębiorca może samodzielnie skorygować nieprawidłowość, zanim zostanie ona wykryta przez administrację skarbową.

Outsourcing rachunkowo-księgowy dla firm

Kontrola celno-skarbowa jest jednym z wielu obszarów, w których znaczenie ma prawidłowo prowadzona księgowość. Firma musi również terminowo składać deklaracje, rozliczać podatki i przechowywać dokumentację.

Pomocnym rozwiązaniem jest outsourcing rachunkowo-księgowy. Zakres usług można dostosować do wielkości przedsiębiorstwa, jego formy prawnej i branży.

Wsparcie może obejmować:

• prowadzenie pełnej lub uproszczonej księgowości;
• przygotowywanie deklaracji podatkowych;
• obsługę plików JPK;
• kontrolę rozliczeń;
• wsparcie administracyjne;
• pomoc podczas kontroli;
• doradztwo podatkowe;
• obsługę kadrowo-płacową.

Outsourcing nie daje gwarancji, że firma nie zostanie skontrolowana ani że organ zaakceptuje wszystkie jej rozliczenia. Pozwala jednak uporządkować dokumentację, wcześniej wykrywać błędy i sprawniej reagować na działania administracji.

Dzięki temu przedsiębiorca może skoncentrować się na sprzedaży, obsłudze klientów i rozwoju działalności. Sprawy księgowe oraz podatkowe pozostają natomiast pod opieką doświadczonych specjalistów.